工程实验室实行理事会领导下，专家委员会指导下的主任负责制。理事会由中国科学院沈阳应用生态研究所、史丹利农业集团股份有限公司、辽宁施可丰新型肥料有限公司和沈阳中科新型肥料有限公司组成，由中国科学院沈阳应用生态所所长朱教君研究员担任理事长。工程实验室主任由武志杰研究员担任，全面负责实验室工作，副主任由魏占波担任，协助主任，分管实验室运行及技术孵化和转让。工程实验室下设四个分部，开展技术研究、中试孵化、技术转让、配方设计、示范推广等工作。设置的机构如下：